Enzymen

Enzymen zijn het gereedschap van de (bacterie)cel.

Zoals bekend ligt de mogelijkheid om bepaalde eiwitten te maken verankerd in het DNA . 
Enzymen zijn eiwitmoleculen. Eiwitten zijn lange ketens van aminozuren. Er zijn 20 verschillende aminozuren . Een eiwit kan honderden aminozuren lang zijn. Door verschil in volgorde en samenstelling zijn er ontelbaar veel combinaties mogelijk, er zijn dus heel veelverschillende enzymen mogelijk en die zijn er ook. 
De samenstelling (aminozuren en volgorde ervan) van een eiwit bepaalt de ruimtelijke bouw ervan.

De ruimtelijke bouw bepaalt wat het enzym kan.
Het enzym bezit zo'n goede pasvorm dat daar meestal maar één type beginproduct (het substraat) in past - zoals in een goed slot maar één sleutel past- en houdt dit substraat zo goed omsloten dat het substraat veranderd kan worden in een andere stof of andere stoffen.

Zo is het enzym dat lactose kan splitsen zo gebouwd dat lactose er goed in past. Een enzym is behalve substraat-specifiek ook werkingsspecifiek. Dat wil zeggen dat ze maar één soort reactie laat plaatsvinden. Een enzym komt weer vrij na de reactie en kan weer opnieuw een reactie mogelijk maken.

De verschillen bij de bacteriën worden dus veroorzaakt door dat elke bacteriesoort zijn eigen enzymen heeft 
Zo kan Escherichia coli lactose wel splitsen en Salmonella niet. De oorzaak is het al of niet bezitten van het DNA dat de informatie draagt voor de synthese van het lactosesplitsende enzym. Omgekeerd heeft Salmonella weer eigenschappen die Escherichia coli mist zoals de mogelijkheid om H₂S te vormen.
Van dergelijke eigenschappen maakt men gebruik om de bacterie op een (specifieke) voedingsbodem te herkennen.

Nog handiger is natuurlijk het specifieke DNA zelf te bepalen, sneller en nauwkeuriger. Je moet wel goed weten wat je precies zoekt dus welke DNA kenmerken specifiek zijn voor het gezochte micro-organisme.

Valkuil bij alle bepalingen:
Bacterien kunnen vrij gemakkelijk veranderen wat betreft hun erfelijke eigenschappen ( DNA krijgen van andere bacterien of zelf muteren)
Binnen een soort (naam die wij gebruiken) zijn nooit alle bacterien hetzelfde. Voor elke biochemische eigenschap zijn er "buitenbeentjes" dus bacterien die niet voldoen aan het profiel dat bij de soort hoort.

Groeiomstandigheden
Enzymen doen hun werk goed als de omstandigheden goed zijn: de temperatuur en de pH zijn erg belangrijk. Deze bepalen dan ook de groeimogelijkheden van het micro-organisme dat de enzymen bezit. Belangrijk om bij de kweek rekening mee te houden.