Identificatie
Hoe kom je erachter met welke bacterie je te maken hebt of hoe weet je of een bepaalde bacterie in een monster (voedsel, water, patiëntenmateriaal) aanwezig is ? Net als bij het opsporen van boeven moet je bij elke naam eerst een signalement hebben, dus hoe ziet de dader eruit? Welke eigenschappen heeft hij?
Maar ook het DNA
kan bepalend zijn.
Je kan micro-organismen determineren door onderzoek naar of door middel van:
Groeiwijze
Microscopisch uiterlijk
Biochemische eigenschappen
Antigene eigenschappen (immunochemische bepalingen), waaronder flow cytometrie
Gevoeligheid voor diverse fagen (faagtypering)
DNA-kenmerken
Malditof : een snelle methode
In heel veel gevallen gaat het om gericht onderzoek: dus gaat je kijken of er Salmonella in kip zit of Listeria in melk of coliformen in water aanwezig zijn? Dus van te voren wordt er een gericht onderzoeksplan met vaak selctieve media of specifieke reagentia gemaakt om een bepaalde bacterie(groep) op te sporen.
In sommige gevallen gaat het juist andersom :er is een bacterie geïsoleerd , bijvoorbeeld uit een ontstoken uier van een koe en nu is de vraag welke soort bacterie het is. Het onderzoek moet nu breder worden opgezet om alle mogelijkheden tot het eind toe mee te kunnen nemen. Wel wordt er afgestreept : dus als een bacterie gramnegatief is vallen alle grampositieve bacteriën af. Door zo tegelijkertijd een aantal testen te doen kan men door logisch redeneren de onbekende bacteriën op naam brengen (identificeren of determineren).Zie ook schema's.
Waarom is identificeren belangrijk?
In veel situaties is het belangrijk te weten met welk micro-organisme men te maken heeft.
Zo mogen er geen pathogenen (ziekteverwekkers) in een levensmiddel of water of in de omgeving (productieruimte of ziekenhuis) aanwezig zijn. Men zal dan, vaak na een eerdere telling of grensreactie (presence/absence test) moeten vaststellen of de verdachte kolonies inderdaad de vermoedelijke pathogenen bevatten. Dit wordt ook wel bevestigen genoemd.
Hetzelfde geldt voor het onderzoek naar een ziekteverwekker bij een patiënt: na (ophoping en) isolatie op een (s)electieve plaat worden de verdachte kolonies nader onderzocht. Erg belangrijk is dat je zeker weet dat je te onderzoeken cultuur(kweek) afkomstig is van 1 cel, dat wil zeggen dat je een reincultuur hebt voor je aan het onderzoek begint.